Род Годуновых выдвинулся на первый план в бурные годы опричнины при Иване Грозном. Начав службу не на самых высоких ролях, они благодаря брачным союзам, уму и воле постепенно вошли в круг могущественной знати. После смерти грозного царя и при его слабом сыне Федоре Иоанновиче, шурин царя Борис Годунов стал фактическим правителем государства. Его энергичное правление было отмечено и успехами во внешней политике, и тяжелыми внутренними потрясениями, такими как Великий голод.
Со смертью бездетного Федора пресеклась древняя династия Рюриковичей. Земский собор избрал на царство Бориса Годунова, что стало вершиной могущества семьи. Однако его правление было омрачено страшным голодом, народными волнениями и появлением самозванца, выдававшего себя за чудом спасшегося царевича Дмитрия. Кончина Бориса в разгар этих событий и последовавшая гибель его сына Федора положили конец короткой династии.
После московской смуты и междуцарствия власть ненадолго перешла к Василию Шуйскому, связанному с Годуновыми родством. Но и его правление не принесло покоя. Страну раздирали восстания и интервенция. Лишь когда народное ополчение освободило Москву, появилась возможность восстановить государство. В 1613 году Земский собор призвал на царство молодого Михаила Романова, чья мать приходилась родственницей Годуновым. Так через родственные узы прерванная линия косвенно соединилась с новой царской династией, положившей конец долгой Смуте.